Den romanske tårnfoten Nonneseter klosterkirke på tangen mellom de to Lungegårdsvannene er fortsatt å se i landskapet, mens de andre middelalderbygningene er ruiner: byens eldste rådhus og vinkjeller ved Nikolaikirkealmenning, Lavranskirken og Maria Gildeskåle mellom Mariakirken og Bryggens Museum og Katarinahospitalet på nordsiden av Dreggsalmenningen.
Mariakirken
Mariakirken er den best bevarte av de tre middelalderkirkene. Den ble bygd i perioden 1140-1180 som et treskipet anlegg med kvadratisk kor og to vesttårn over sideskipet. Koret ble forlenget etter en brann i 1248. Ved den anledning ble også nordre tårn gjenreist og søndre tårn forhøyet. Kirkens stramme totårnsfront stammer altså fra 1250-årene.
Opprinnelig var bare kirkens kor hvelvet. Antakelig etter en brann i 1198 ble det slått hvelv over midtskipet. Disse sitter så lavt at lyset fra klerestorievinduene blir stengt ute fra kirkerommet.
Slik var det en gammel middelalderkirke biskopen i Bergen overdrog til de tyske kjøpmennene på Bryggen i 1408. Den var på tyske kjøpmannshender fram til 1766. Like til 1874 eksisterte en tysk menighet i Bergen som hørte til Mariakirken. Den siste preken på tysk ble holdt i 1868.
Kirken har bevart et unikt inventar som bl.a. omfatter et senmiddelaldersk alterskap med framstilling av Maria og apostlene og en staselig utsmykket prekestol fra 1676.
Korskirken
De eldste delene av Korskirken tilhører en romansk langkirke som er like gammel som Mariakirken. Første gang vi hører om den, er i 1181. Da stod den åpenbart ferdig. Kvadersteinsmurveret og rester av en blindbuefrise under takgesimsen vitner om at den ble bygd av de samme håndverkerne som bygde Mariakirken. I 1590-årene fikk kirken sitt vesttårn, og i 1615 ble søndre korsarm bygd. Nordre korsarm ble bygd i 1632. Portalen er et hovedmonument i norsk renessanse. Rester av en tilsvarende portal står i søndre korsarm.
Kirken fikk sin nåværende hjelm og spir etter bybrannen i 1702. I 1896 satte arkitekt Schak Bull inn romanske portaler i kor og tårnfot, etter mønster av sideskipsportalene i Stavanger domkirke, og erstattet kirkens trehvelv med en elegant åpen takstol.
Domkirken
De eldste deler av Domkirkens vestmur stammer fra en soknekirke - Olavskirken i Vågsbotn - som ble bygd allerede i 1100-årene. Omkring midten av 1200-årene ble kirken overtatt av fransiskanerne, som utvidet den og bygde sitt kloster på sørsiden. Kirkens kor med den tredelte koravslutningen ble bygd mellom 1270 og 1300. I dette koret ble kong Magnus Lagabøte gravlagt. Tårnfotens vestportal og de staselige grindverksvinduene fra 1270-årene vitner om at engelske håndverkere, eller nordmenn opplært i engelsk byggemiljø, har arbeidet med kirken.
Kirken ble domkirke etter reformasjonen i 1537. Biskopen flyttet inn i klosteret og omdannet det til bispegård. Omkring år 1600 ble et sideskip bygd til kirken på sørsiden. Omtrent samtidig ble det nåværende tårnet bygd opp over vestre del av den gamle langkirken.
Kirken har brent flere ganger, både i middelalderen og etter reformasjonen. Etter den store bybrannen i 1702 ble den kraftig ombygd. Den fikk nytt sideskip med arkaderekke mot hovedskipet, og hvelvene i koret ble revet. I 1880-83 ble kirken restaurert og fikk sitt nåværende nygotiske interiør.